O Comitê é administrado por uma Secretaria Executiva e por um Comitê Gestor. Ambos são eleitos anualmente, em reunião plenária, com a possibilidade de uma reeleição.
Desde agosto de 2014, reeleito em 2015 e 2016, o Instituto de Desenvolvimento e Direitos Humanos – IDDH exerce a Secretaria Executiva do Comitê, representado por sua Coordenadora de Programa, Camila de Oliveira Koch.
O Comitê Gestor, formado por duas organizações. é formado também desde agosto de 2014 e reeleito em 2016, pela Comunidade Baha´í e pela Conectas Direitos Humanos.